以下が動作確認している使用しているバージョンです。
Firmware version: 3.3 (3.3.0124)
2020/12/03 11:56#5879 の投稿から本当項まで上記バージョンで使用していますが、
初投稿で上げた問題は確認されませんでした。
また、Vesion 4.0β も試してみましたが、
HHKB Hybrid Type-S にて、Fn+Ctrl+0 で USB-C 接続に切り替えようとしても認識しなくなりました。
素人感覚ですが、Version 3.4 以降に問題があるように感じます。
対応よろしくお願い致します。