「修飾キーを押している間 有効になる配列面」での「複数」の扱い

ここで設定したレイヤーへは，CTRL+ALTでもSHIFT+WINでもCTRL+ALT+SHIFTでも同じレイヤーに飛ぶことになるのでしょうか？

そうです。

技術的には修飾キーのあらゆる組み合わせに別々の配列面を設定することができます。
修飾キーは全部で4種類×左右で8キーありますので、[2の8乗-1]で255通りの配列面を個別設定することになります。左右を区別しないとしても[2の4乗-1]で15通りあります。これを分かりやすくカスタマイズ画面に表示するのはなかなか難しいです。

「修飾キー押下時の配列面有効化」で想定している用途は3つあります。

• 「日本語入力モードでも修飾キーを押している間は英字配列面にしたい」というパターン
• 「左CtrlはEmacsキーバインドにしたい」というパターン
• 「Win-A に特別な機能を割り当てたい」というパターン

「Ctrl-Alt-A に特別な機能を割り当てる」というパターンも考えられましたが、複雑なカスタマイズ画面を少しでも簡単にするために、複数修飾キーの個別割り当ては外しました。

もちろん多くのユーザーが個別設定を望むのであれば、機能追加することは可能です。

Ctrl押下で参照するレイヤーで「修飾キーを押している間 有効になる配列面」のAlt参照レイヤーを別に設定すれば、そのレイヤーはCtrl+Altの参照レイヤーとして機能するのでしょうか．

そうはなりません。
「修飾キーを押している間 有効になる配列面」は、文字キーが押された瞬間に判定されます。文字キーを押したときにCtrlとAltが両方押されていれば、（Altに指定した配列面ではなく）[複数]に指定した配列面を参照します。

実装が困難なのではなく、論理的な定義が難しいことに問題があります。
例えば、

• Ctrl押下で参照するレイヤーで「修飾キーを押している間 有効になる配列面」のAlt参照レイヤーを別に設定
• Alt押下で参照するレイヤーで「修飾キーを押している間 有効になる配列面」のCtrl参照レイヤーを別に設定

が別々の配列面に設定されていたら、どちらを参照すべきか不確定ですよね。さらに Ctrl-Alt-Win-Shift-○ であれば24通りの参照ルートになってしまいます。
判定が一意になり、かつ人間に理解できる論理構造となると、現在のような設定の方が適切だと思います。