試してみないことには確かなことは申し上げられませんが、少なくとも使用(キーボード入力を変換する)に関しては使えない可能性はほぼないと思われます。USBキーボードが使用できる限り基本的に問題ございません。すでにApple Siliconで動作するiPhone/iPadで使用できていることもそれを裏付けていることと存じます。
カスタマイズについては、macOSから直接書き込むためには何らかの対応が必要になる可能性が高いです。カスタマイズは原理上、かえうち に内蔵されたマイコンのファームウェア書き換えが必要になるため、もしマイコンの新macOS向けデバイスドライバが用意されなければ、Apple Siliconで動くmacOSからは かえうち のカスタマイズができなくなります。
仮にそうなった場合でも、Apple Silicon上でParallelsなどの仮想環境が動作するようなので、Apple Silicon上でx86/x64系のWindowsまたはLinuxを動作させれば、macOSから直接はできなくても、仮想環境経由でのカスタマイズは可能になると思われます。
(現時点でもmacOS/Intel上のParallelsにWindowsやLinuxを置けば、仮想環境からのカスタマイズができています。)