閉じカッコのキーにカナを設定できない

一応想定はしていた問題ですが、やはりそういうキーボードがあったのですね。

まず、配列面右上の「JIS (109)」を「ALL」に変更してください。
添付画像の赤で囲ったキーがJISの『 ] } む」』キーで変更できる箇所です。ここに設定している内容とまったく同じものを、青で囲ったキーにも設定してください。それで直るはずです。

他の人が同じ問題に遭遇しないように、カスタマイズ画面側で解決できないか検討します。