マクロ16が実行されると、[LAlt Press]→[Insert Press]→[Insert Release]→[LAlt Release]の順で出力されます。これはマクロ16で設定された通りの出力です。
MS-IME側のAlt-Insertのキーフック(ソフトウェアがキー操作を奪うこと)がうまくいっていない可能性が考えられます。かえうち の機能ではなく実操作でAlt-Insertを操作した場合はどうなりますか?
実操作でも同様の現象(メニューバーへのフォーカス移動)が発生するのであれば、MS-IME側の問題です。
実操作では発生しないのであれば、かえうち の出力速度が原因かもしれません。かえうち は上記キーストロークを数十ミリ秒で出力します。速すぎることでMS-IMEがフックに失敗し、Altキー押下がOSに伝わってしまっているということです。