かえうちパートナーを併用した場合の現象かと推測します。
かえうちパートナーはIMEの状態(日本語入力のON/OFF)を検知して、かえうちに通知します。かえうちが通知を受け取ると、対応する処理(カスタマイズの全般タブで設定したもの)を行います。
ここで、対応する処理にIMEを切り替えるキー操作(全角/半角キーなど)が含まれる場合、以下のような無限ループが発生します。
IME状態変化 → パートナーが検知してかえうちに通知 → かえうちがキー操作送信 → IME状態変化 → …
これはかえうちに問題があるのではなく、カスタマイズの内容によって発生するものです。カスタマイズファイル(内部プログラムなし)を添付していただければ、どこを変更すれば良いか詳しくご説明いたします。