御回答ありがとうございます。
ご案内頂いたページに基づき確認してみました。
まず、”[書き込む] ボタンを押してしばらく待っても、本体の白LEDが点灯したままになっている” に該当しましたので、両 Shift + Esc にて手動でメンテナンスモードに切り替えました。
赤 LED のみの点灯になりましたので、メンテナンスモードへの移行は行えたようです。
この状態で再度書き込みを試してみたのですが、『初期設定の再実行をお試しください。』のエラーがやはり出てしまいます。
この間、本体の赤 LED は点灯したままです。白 LED は消灯したまま、どちらも点滅はしていません。
デバイスマネージャーを確認しましたが
libusb-win32 devices の下の AT90USB128 は正常に認識されています。
デバイスの状態は『このデバイスは正常に動作しています。』で
ドライバーは Microchip の 2019/01/10 の version 1.2.3.0 が読み込まれています。
!などのドライバーの動作不良を示すアイコンは見当たりません。
ご案内頂いたページの内容は全て確認したつもりですが、他に何か試せることはありますか?