「微調整」の内容にもよるところではありますが、配列面(最大32)を使うことでOSごとに異なるキー配列にすることは可能です。Windows用の配列面とMac用の配列面を別々に定義して、必要に応じて切り替えることになります。
ただし かえうち は接続しているOSを認識することができないので、切り替えは手動でする必要があります。例えば[右Opt+W]を押すとWindowsモード、[右Opt+M]を押すとmacOSモード、[右Opt+I]を押すとiOSモードに切り替わるように設定して、各OSの使用開始時に該当キーを押して切り替えてから使うようにします。