簡単にDvorak+親指シフトに設定できますか?

キー配列はあらゆる組み合わせが考えられるので、サンプル集はある程度的を絞って設定しています。なので、現状Dvorakと日本語配列系を簡単に組み合わせる方法はありません。

一つ一つ手作業で設定するか、JSONファイルを編集するかのどちらかになります。ただしJSONファイルは仕様解説がなく、JSON読み込みは動作保証の対象外なことにご注意ください。（[カスタマイズ] JSON形式の読み込みが可能になりました 参照）
Dvorakなら1配列面（Shiftを別面にするなら2配列面）だけなので、JSONの記述形式を理解して置き換えるよりはチマチマ置いていく方がいいかな、と思います。

もっと楽にできるようになると良いんですけどね。

Mozcとの同期とは、Mozc と かえうち の入力モードが一致しなくなるということですか？ Linuxは かえうちパートナー が無いので仕方ないかな、というところではありますが。

Alt-Spaceについては、「修飾キーを押している間有効になる配列面」のAltに使っていない配列面（現配列面より数字の大きいもの）を設定し、その配列面のSpaceにキー配列を切り替えるマクロ（マクロA 全/半 など）を設置すればできます。カスタマイズファイルをアップロードしていただければ具体的な設定方法をご案内します。

LGUIとLAltが入れ替わっていたので意図と異なるかもしれませんが、とりあえず作ってみました。動作が希望と異なる場合はお知らせください。

Ubuntu＋Mozc＋かえうち で試してみましたが、私の環境では意図した通りの操作ができました。前回アップロードした配列では（キートップ表記上での）LAlt＋Spaceで日本語入力ON/OFF、「修飾キーを押している間有効になる配列面」のLAltとLWinを入れ替えると（キートップ表記上の）LWin＋Spaceで日本語入力ON/OFFができました。

このカスタマイズでは日本語入力の切り替えに全角/半角キーを使っているので、全角/半角キーで日本語入力をON/OFFできる状態になっていないと正しく操作できません。USキーボードとして認識されていたり、Mozcの設定を変更していると（かえうちの接続に関係なく）全角/半角キーでの切り替えができない可能性があるのでご注意ください。