反映されません

どんな設定/キー配列にしたくて、どんなカスタマイズを書き込んで、どんなキーボードを接続したのか教えていただけますか？ 「反映されない」だけでは目的や状況が分かりません。どんなキー入力を期待していて実際には何が入力されたのかを教えてください。

日本語認識していないかもとのことで、変換キーを押すと解決するとありますが、全く変化なしです。

英字入力と日本語入力に別々のキー配列を設定している場合は切り替え操作が必要ですが、切り替えキーはカスタマイズによって異なります。よくある質問 も参照してください。

ちなみに、Macでは問題なく設定できました。Windowsでできません。

Mac で設定できたというのは希望通りのキー配列になったということですか？ Windows でできないのは かえうち への書き込みですか、それとも希望通りのキー配列での入力ですか？

Mac では希望通り NICOLA で入力ができていて、Windows では NICOLA に切り替わらないということですか？ Mac で書き込みができているのであれば、Windows で使うときはそのまま接続して Mac と同じキー操作をすれば NICOLA に切り替わるはずです。

キーボード設定は、サンプル集にあったNICOLA配列です。

サンプル集には NICOLA が（かんたん設定も含め）多数あるので、それだけではどんなカスタマイズを書き込んだのかが分かりません。書き込んだカスタマイズを保存して投稿に添付していただけると助かります。キーボードによって存在しないキーもあるので、ご利用のキーボードも教えてください。
Mac ではどんなキー操作で NICOLA に切り替えていますか？ Windows で同じ操作をするとどうなりますか？ Mac で かえうちパートナー をご利用の場合、かえうちパートナーを停止させていても NICOLA で入力できますか？

うまく動作したようで安心しました。
一度設定すれば（同じキー配列であれば）OSごとに設定し直す必要はありません。

右側のcommandをdeleteに変えて、左側のcommandをwindowsでもmacと同様にショートカットキーとして使いたい

右Commandは単純にDeleteを配置するだけで変更できます。
左Commandでショートカットキーというのは、macOS では Command、Windows では Ctrl として動作させたいということで合っていますか？ それであれば、配列面1～5を一つ後ろにずらして（対応する同時押しMODやマクロなども変更）、配列面1 に Windows 用のキー設定を入れ、macOS では 配列面1 を無効、Windows では 配列面1 を有効にすれば良いと思います。
かえうち は接続しているOSが何かは判別できないので、接続しているのがどちらのOSなのかユーザーが明示する必要があります。上記設定では起動時はmacOS用なので、例えば F1 を押しながら W を押すとWindowsモードになり、F1 を押しながら M を押すとmacOSモードになる（ユーザーMODを利用）などのモード切り替えを設定する必要があります。
サンプル集の「うぇぶしま飛鳥」（私が使っている設定）の配列面0,1に、まさしくその設定（Command・Ctrl入れ替え）が入っているので参考にしてください。配列面0がWindowsモード、配列面1がmacOSモードで、右Ctrlを押すとmacOSモード、右Win/Cmdを押すとWindowsモードになります。