まずF12キーは、カスタマイズOnlineのキー表記にある通り macOS において「F12/Eject」です。Apple製キーボードにある「Ejectキー」の動作をしているわけではなく、単にF12を出力するだけです。macOS において F12 がEjectキーとして解釈されたので同列表記をしているに過ぎません。
iOSにおいてEjectキーでソフトウェアキーボードを出せるというのは初めて知りました。Apple製USBキーボードをiPhone 6s (iOS10)に接続して試してみたところ、確かにソフトウェアキーボードが表示されました。一方F1~F12キーは輝度設定や音量調整などの方が機能してしまい、「fnキー」も別の機能に割り当てられていたので「F12」としては動作しませんでした。
手持ちの Happy Hacking Keyboard ProfessionalJP は「Macintoshモード」にするとEjectキーが使えるようになるので iOS で試しましたが、こちらは何の反応もありませんでした。
質問の回答としては
2)かえうちがf12を出力していてイジェクトキー出力をしていない
というのが正しいです。
Apple製キーボードは色々と特殊なことをしている(iOS10でもJIS配列が使えるなど)ので、仮にかえうちに「一般的なEjectキーの出力」機能を付けたとしても、iOSで期待する動作になるかは分かりません。