鋭いご質問ありがとうございます。
ご指摘の通り、このキー配列には「Shiftキー」が存在しません。Shift+文字キーの場合は かえうち が各キーにShiftを付加するので実害はありませんが、Shift+クリックのように実際にShift押下をシステムに伝える必要が有る場合には問題になります。
かといってShiftを配置してしまうと、単独押しでの入力モード切り替えができなくなります。
現状では「Shiftクリック」「Shift単独押下」を1キーで両立する方法はありません。
同様のご指摘は以前にもいただいていまして、解決するには「修飾キーの単独押しに機能を割り当てる」という機能を追加する必要があります。すでに追加すること自体は(私の中で)決定していて、実装とテストをしている最中です。
リリース時期は明言できませんが、近いうちの内部プログラムアップデートの新機能とする予定です。
なお、両Shiftを使ったモード変更は、[特殊]タブのモード変更キー([KB出力トグル]など)をどこか(ユーザーMODの移動先配列面など)に設置しておくことで代用が可能です。