返信が遅くて申し訳ございません。
すでに解決済みのようですので不要かもしれませんが、補足します。
ThumbTouchで使用する場合は、サンプル集の「NICOLA (KB232/ThumbTouch)」または「かんたん設定」をご利用ください。親指シフトかんたん設定の方が、日本語入力ON/OFF時の操作設定が柔軟です。
(どちらを使用した場合でも、サンプルの内容をベースに自由に編集が可能です。)
かえうちパートナーはおっしゃる通り常駐するソフトウェアです。
かえうちパートナーは日本語入力ON/OFF時の不都合を回避するための補助的なソフトなので、かえうちパートナーを使用しなくても親指シフト入力自体は可能です。