キーボード切替器経由のかえうち2動作について

まず、パソコン切替器については動作保証の対象外であるという点をご理解ください。

その上で、動作状況を見る限り、切り替え時のUSBの切断による現象と推測されます。
PCを切り替えた瞬間に、USB端子の接続先が切り替わるため、切断自体は必然的なものです。通常のUSBキーボードの場合、接続から使用できるようになるまでのタイムラグが一瞬であるため、PCを切り替えた直後から使用できます。一方 かえうち は起動に数秒かかるため、使用できない時間が発生します。
むしろ無反応時間が発生しない方が不思議なくらいです。セルフパワー方式ならともかく、バスパワー駆動では2台のPCの電源系統が異なるので、切り替え時に瞬間的な電源断が発生するように設計するのが通常だという認識です。

こちらのトピックもご参照ください。

Windows & Mac共用

双方のUSBの設計によると思いますが、電源断が起きなくても かえうち は一時的に無反応になるはずだというのが私の認識です。USB接続時にPC側にどんなUSB機器なのか伝える必要があり、PCを切り替えるとその処理がやり直しになるはずだからです。なので「数回に一回の頻度で」とあり無反応にならないことがあるのがむしろ不思議なのです。

起動処理に関する部分さえ問題なければ、ソフトの問題はありません。
もちろんPC1が英字入力モード、PC2が日本語入力モードであれば、（単一のPCでマウスで入力モードを切り替えた場合と同様に）かえうちとPCで状態の不一致が発生します。どちらかのモードを切り替えれば済むことなので、実用上大きな問題にはならないと思います。
（かえうちパートナー使用時は少し状況が異なりますが、ここでは省略します。かえうちパートナーは「PCのIME状況の監視」をしているためです。）