カスタマイズした配列と違う配列に

すみませんフォーラムへの投稿に気づきませんでした。
メールでやり取りしてこの件は解決済みですが、他に見られる方のために書きます。（よくある質問にも記載しました。）

日本語キー配列に切り替えるためには、日本語用の配列面を有効にする必要があります。既定の配列「NICOLA」では「マクロAかな」「マクロA英数」を使って切り替えます。
takayo さんがおっしゃったように、「カタカナひらがな/ローマ字キー」を押せば日本語配列面に切り替わります。

ブラウザについては、（ほとんどの処理をサーバー側で行っているので）正常にダウンロードできたのであれば問題ないと思われます。一応 IE、Chrome、Firefox、Safari の各最新版ではテストしています。