小さなかな文字（「っ」「え」など）が入力できない

　当方､数年来の親指シフター（NICOLA派？）です。
　会社のパソコンでの使用のため､先日よりかえうちの使用を開始したのですが､文字入力に不具合が生じているので、ご報告いたします。
　パソコンのOSはWindows10(64bit版）で、日本語IMEはJapanist10なのですが、かえうちの日本語出力モードをローマ字出力、システム（Japanist10）の入力モードをローマ字入力にして同時打鍵で入力すると、「っ」や「ぇ」などの小さなかな文字がうまく入力できません。
　具体的には「－つ」や「－え」のような表示になってしまいます。
　どうやら、ローマ字の「ltu」や「le」の「l」（エル）が「－（バー）」と認識されしまっているようなのです。
　原因がかえうち側にあるのか、Japanist10側にあるのか､素人の私には判断できかねますので、対処法など教えていただければ幸いです（ちなみに、Google日本語入力やMicrosoft IME では､これらの文字もきちんと入力できるようです）
　ちなみにこの文章は、かな出力・かな入力にして書いていますが、この状態では、Japanist10の「ローマ字入力モードの際､shiftキーで一時的に英文入力する」という便利な機能がつかえないので、できればローマ字入力で使いたいと思い、質問させていただきました。