まず、ソフトウェアの名称は「かえうちカスタマイズ」です。トピックタイトルだけは変更しました。
(英語としては customizer の方が機能に即していますが、customize を正式名称としています)
ご報告ありがとうございます。
ファームウェア 2.0 のキーボード認識処理に何からの問題が生じているようですね。ご不便おかけして申し訳ございません。
何度も差し込み直しを繰り返していると、なんらかのタイミングのせいか、赤のLEDが点灯後消灯し
[マニュアル] 通常モード / カスタマイズモード にある「本体操作でカスタマイズモードに入る」場合の動作が起きたのだと思います。通常動作(緑LED点灯)にならなければ、実際にはキーボードが接続されていても「キーボードが接続された」とはなりません。そのまま5秒以上経過を2回繰り返すとカスタマイズモードに切り替わります。