先日アップデートしたカスタマイズファイルで赤LEDが点灯するのであれば、かえうち は[変換]と[無変換]の押下を正しく取得できています。したがって、相性問題の可能性はほぼありません。
「NICOLA (KB232/ThumbTouch)」を読み込み、(中略)親指シフト(左右)キー単独打鍵の反応はないです。
とありますが、単独打鍵がPCに伝わっているかは何で判断されましたか? メールでご紹介した kbv 等のソフトウェアを使ってご確認されましたか?
また、「NICOLA (KB232/ThumbTouch)」でうまくいかないようであれば「NICOLAかんたん設定」を利用したカスタマイズもお試しください。