書き込んだキーボードレイアウトにならない

まず、よくある質問の「日本語入力用のキー配列に切り替わらない」をご覧ください。
お使いのキーボードがApple純正ということは、IME ON/OFFに設定している無変換キー・ひらがなキーがありませんし、親指シフトキーのうち変換キーもありません。既定のキー配列の「NICOLA (英数・かな)」（orzレイアウトではありません）を参考に、設定を変更してください。配列面右上の「JIS (109)」を「Mac JIS」に変更すると設定が分かりやすいと思います。

意図的に設定しない限り、かえうち単体で右に2つずれるというのは考えられません。元々macOS上のソフトウェアで1文字ずらしていて、ズレが重複したのではないでしょうか。

カスタマイズファイルをフォーラムにアップロードする場合は「共有・Web公開用」にチェックを入れてダウンロードしてください。

ウインドウズで再度設定しても同じ現象です。

設定（書き込み）をWindowsでやったかmacOSでやったかは関係ありません。同じカスタマイズファイルを書き込めば全く同じ動作をします。
問題は接続するキーボードがMac用であることです。キーボードに「無変換」や「変換」はありませんよね？ Mac用日本語キーボードはいくつかのキーがWindows用日本語キーボードとは異なるので、それに合わせた設定にする必要があります。

今度はカスタマイズモードに入れなくなりました。

カスタマイズモードに入る方法は3通りあります。他の方法を試してみてください → ［マニュアル］カスタマイズ手順