まず、よくある質問の「日本語入力用のキー配列に切り替わらない」をご覧ください。
お使いのキーボードがApple純正ということは、IME ON/OFFに設定している無変換キー・ひらがなキーがありませんし、親指シフトキーのうち変換キーもありません。既定のキー配列の「NICOLA (英数・かな)」(orzレイアウトではありません)を参考に、設定を変更してください。配列面右上の「JIS (109)」を「Mac JIS」に変更すると設定が分かりやすいと思います。
意図的に設定しない限り、かえうち単体で右に2つずれるというのは考えられません。元々macOS上のソフトウェアで1文字ずらしていて、ズレが重複したのではないでしょうか。
カスタマイズファイルをフォーラムにアップロードする場合は「共有・Web公開用」にチェックを入れてダウンロードしてください。